A la suite de saint François-Xavier (1506-1552) , les Jésuites et les Franciscains avaient enraciné le christianisme dans le sol japonais. Écoles, paroisses, hospices et léproseries témoignaient de la vigueur de cette jeune Église. Mais, à cette époque, le Japon connait des bouleversements politiques importants. Le shogun Taïcosama cherche à unifier le pays en limitant l'influence des daïmios locaux. Il veut aussi limiter l'influence des étrangers au Japon. Or le christianisme est une importation étrangère : le shogun s'en prend donc aux chrétiens.

En 1587, les missionnaires sont expulsés, le christianisme interdit. Dix ans plus tard la persécution reprend. En février 1597, vingt-six chrétiens sont arrêtés : des jésuites, des franciscains, des laïcs tertiaires de saint François, des enfants de chœur... Parmi eux, Paul Miki (1566-1597), premier jésuite japonais et prédicateur passionné. On les promène de ville en ville, pour l'exemple, pour dissuader ceux qui seraient tentés d'embrasser la religion interdite. Emmené à Nagasaki, il y est crucifié, mais il n’a que des paroles de pardon pour ses bourreaux.

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